Las áreas marinas en España, a pesar de ser consideradas como puntos de interés económico, social y ecológico han sido las grandes olvidadas a la hora de incluirse en los programas de protección. Así, el 73% del territorio por encima de los 1.500 metros está protegido, frente a sólo el 3% del mar.

En los últimos años, diferentes convenios y acuerdos, han ido reconociendo paulatinamente la necesidad de centrarse más en la protección de los ecosistemas marinos y conservar de manera íntegra hábitats y especies, evitando así la pérdida de biodiversidad tan alarmante que sufren nuestros mares y protegiendo, a su vez, áreas, sobre todo fondos marinos, no estudiados aún. Para ello, es necesaria una mejor y mayor coordinación a todos los niveles territoriales de las administraciones públicas implicadas en la gestión costera y marina. Los planes de gestión de cada una de las áreas deben contar con la participación e intervención de todos los sectores de la sociedad implicados. El problema es que existen ciertas ambigüedades y vacíos jurídicos en la política de la UE, lo que dificulta la toma de decisiones a la hora de hablar de regulación y jurisdicción de los mares. Estos problemas vienen derivados de la dificultad de delimitar zonas en el mar y establecer la propiedad de determinadas áreas marítimas.

Actualmente en España se están llevando a cabo nuevas propuestas como la creación de cinco nuevas áreas protegidas en Cabo de Creus, Islas Columbretes, Canal de Menorca, Isla de Alborán y Barco de Galicia además de proyectos de investigación (LIFEPLUS) dedicados a explorar nuevas zonas marinas con el objetivo de convertirlas en áreas protegidas (Cañón de Avilés y Volcanes de Fango en el golfo de Cádiz). Pero todos estos adelantos requieren una inyección presupuestaria por parte de empresas públicas y de la Secretaría General del Mar del Ministerio de Medio Ambiente y Medio Rural y Marino.

Se considera clave recoger explícitamente la experiencia de más de 20 años de trabajo representada por las reservas marinas de interés pesquero, a nivel estatal y autonómico, donde la gestión efectiva de las restricciones de pesca ha producido de manera inequívoca buenos resultados para la pesca con el aumento del recurso, y también para el hábitat, con el mantenimiento o mejora de los ecosistemas marinos.
La actividad pesquera es otro factor relevante, ya que ha sido de vital importancia en la economía de nuestro país. Actualmente existen numerosas pesquerías colapsadas y solamente el 25% se están recuperando. Desde el punto de vista animal, algunas especies como los cetáceos y las tortugas marinas son muy vulnerables ante la pesca, por ello se establecen ciertas medidas de aislamiento y control en aguas del Mediterráneo y el Atlántico así como la búsqueda de nuevos métodos de pesca que eviten su captura accidental

Desde las asociaciones ecologistas nos recuerdan que proteger un área marina significa, no sólo salvaguardar la pesca comercial y garantizar su explotación juiciosa, también implica asegurar el futuro de todos los organismos que la habitan. Se debe perseguir como objetivo prioritario de esta protección, la regeneración de recursos pesqueros y el interés por mantener la biodiversidad.

Por otro lado, el transporte marítimo, junto con otros factores, es uno de los puntos fuertes de la globalización. Por ello, la marina mercante se encarga de la prevención y lucha contra la contaminación de los buques y plataformas en las aguas españolas. La colaboración internacional es necesaria pero no es suficiente. La protección se basa en mantener en condiciones óptimas los buques, mediante inspecciones periódicas llevadas a cabo por estado de bandera y el estado rector del puerto, de manera que los barcos propios o visitantes se ajusten a los convenios y directivas pactadas. Dada la alta calidad de nuestra flota, España se encuentra en la lista blanca, liderando las inspecciones europeas.